Answer 1. ¿Qué programa prefieres? ¿La Familia Moderna o Friends?
Explanation : A choice between several possibilities is being requested. If the possibilities are first listed and then the question is asked, "Cuál o Cuáles" are used depending on whether one or several objects have to be chosen. But if you first ask the question and then list the options you should use "Qué".
Alternative : Entre los programas La familia Moderna y Friends, ¿Cuál prefieres?
Answer 2. ¿Qué zapatos te gustan más? ¿Los rojos o los marrones?
Explanation : The same, but now several objects have to be chosen.
Alternative: Entre los zapatos rojos y los marrones, ¿Cuáles te gustan más?