Hợp chất thứ cấp là các chất không có chức năng trực tiếp trong các quá trình đồng hóa, hô hấp, vận chuyển, tăng cường và phát triển thực vật. Chức năng chủ yếu của các hợp chất thứ cấp là bảo vệ thực vật chống lại các tác nhân gây bệnh và động vật ăn cỏ. Nhiều chất thứ cấp có hoạt tính sinh học mạnh được dùng làm chất diệt côn trùng, nấm, dược chất. Hợp chất thứ cấp được phân làm ba nhóm chính ở thực vật: Các terpen, các hợp chất phenolic và các hợp chất chứa Nitrogen.